Rừng trong vườn quốc gia Semuliki tương tự trong khu vực bồn địa Congo. Cynometra alexandri, một loài cây nhiệt đới, chiếm ưu thế, xen kẻ là những loài cây gỗ khác cùng thực vật đầm lầy. Lượng mưa trung bình hàng năm trong rừng nhiệt đới là 1.500 milimét (59 in).[5]

Hơn 400 loài chim (gồm Geokichla oberlaenderi, Phyllastrephus lorenzi, chín loài hồng hoàng) cũng như trên 450 loài bướm cư ngụ vườn quốc gia. Vài loại thú có vú trong vườn là voi, báo hoa mai, beo vàng châu Phi, trâu, hà mã, linh dương hoẵng và sóc bay đuôi vảy lùn.[5]

Từ thượng nguồn xuống hạ nguồn, độ cao sông Semliki giảm đi 300 m (1.000 ft) do một loạt thác ghềnh, làm cô lập các quần thể cá trong hồ Edward (một số là loài đặc hữu) khỏi các quần thể ở hồ Albert.[7]